游戏的剧本以《聊斋志异》中《聂小倩》的故事为蓝本改编，明末时期，生灵涂炭，三界之乱，因盘古元神而起。只有再度寻回并封印元神珠，方可平息这一切风波。玩家需要在与姥姥、黑风魔王等的斗争中帮助宁采臣解救小倩并封印盘古元神，拯救苍生。

盘古开天辟地，力竭而亡。清气升，为天；浊气降，为地，清阳上升，形成天界；浊元下降，形成阴间和地狱；中为人间，共称三界。世界万物轮回，形成六道。但世人不知，世间另有一个大轮回，一旦大轮回发生，一切都将重新排列组合。彼时，天界可成阴间，地狱可成天界，火亦可冷，冰亦可热，做善事亦可受罚，一切都可颠倒。只有寻得盘古元神，方可阻止这场大轮回。后来功德圆满的孙悟空成为斗战胜佛。他得知元神秘密后，将附有盘古元神的金箍棒封存在太上老君八卦炉中，以三昧真火炼化为神灯，镇于瑶池深处。 灯芯为神火灼烧，竟炼化出灵性，修成人形，游戏瑶池间，被守护神灯的巨灵神发现。为搪塞身份，灯芯自称王母身边的掌灯侍女——小倩。巨灵神与小倩一见钟情。后巨灵神违背天条，擅自私带侍女离开瑶池，为玉帝发现，将灯芯打回原形，欲重新封入瑶池禁地。巨灵神为救爱人起兵造反却被二郎神所败，打下凡间为妖。神灯亦于争斗间失落，化为元神珠，坠入人界。西方摩伽陀国有高僧善无畏，受佛祖点化，于玄宗开元四年时，长途跋涉至长安，并凭自己高深的悟性觅得元神珠。善无畏趁元神威力减弱的机会修兰若寺，期望永久的封印盘古元神。后兰若寺荒废，封印松动，元神之力渐渐溢出，而灯芯一灵不昧，趁此时机逸出兰若，但因受封印之力所困，已丧失前世记忆，更须历十世轮回之苦。

千年光阴，十世流转，已至明末。因鬼界与天界之争打破清浊平衡，人界旱涝灾害不断，多地饥荒，妖物也自山林地穴涌入人间，生灵涂炭。兰若寺的秘密，并非如高僧所愿那般湮没。姥姥就是其中极有野心的一个知情者。一次黄泉路上，姥姥遇到已历十世情劫，为情而逝的亡魂小倩，以答应让她与爱人重逢为饵，将小倩招至麾下，为其所用。兰若寺不远处，阴暗的洞穴中有黑风魔王，为巨灵神下届所化。黑风魔王和天宫之间有着难以化解的仇恨，亦是玉帝的隐患。而小倩所受的天谴和他要寻得小倩的执念，令他的怒火愈燃愈烈。三界之乱，皆因元神而起。只有再度寻回并封印元神珠，方可平息这一切风波。当此世，娑婆众生，岌岌可危。玩家需加入到这场英雄救世的故事中。游戏故事，自此开始。